R绘图概述

R 是一个开源的统计和绘图系统。绘图系统主要包括base和grid系统，而lattice包与ggplot2包正是基于grid构建，它们都有自己独特的图形语法。

1. R语言原生的绘图系统 R Graphics 已经非常强大了，可以绘制非常炫目的图片，但是需要耐心调试。

除了基础图形，grid、lattice和ggplot2软件包也提供了图形系统，它们克服了R基础图形系统的低效性，大大扩展了R的绘图能力。

2. grid图形系统可以很容易控制图形基础单元，给予编程者创作图形极大的灵活性。grid较少直接使用，适合需要自己写绘图包、实现新创意时刻再回头学习。

3. lattice包通过一维、二维或三维条件绘图，即所谓的栅栏（trellis）图形来对多元变量关系进行直观展示。lattice系统原则上能绘制任何复杂图形。Lattice package is a powerful and elegant data visualization system that aims to improve on base R graphs.

4. ggplot2包则基于一种全面的图形“语法”，提供了一种全新的、统一风格的图形创建方法。绘图神器，既快又好。ggplot2 is a powerful and a flexible R package, implemented by Hadley Wickham, for producing elegant graphics.

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华大基因PPT:R语言的绘图功能及应用案例

《R语言实战》R in Action

sthda:使用R base,Lattice,ggplot2,3D画图

R graph gallery 各种R图片和源码

在线书籍

bookdown.org/ 在线R电子书集合

R Graphics Cookbook, 2nd edition 各种画图方案

R Graphics Third Edition: by Paul Murrell R绘图系统的作者

R原生绘图命令要点

基础绘图包在R语言被安装后即存在，可直接使用，永不升级。基础绘图包不算Low，很多CNS文章仍在使用。”钻石恒久远、经典永留存“，所谓颜值不在于绘图包是否高级，主要在于线条的粗细、精心的排版、文字与图形之间的比例、以及有点儿"品位"的颜色搭配。

1. 基础绘图包中的高级绘图函数(也翻译做高水平画图命令)，绘制图像主体，包括：plot()泛型函数(generic method)、boxplot()盒型图、barplot()条形图、hist()直方图或金字塔图、pie()饼图、dotchart()克利夫兰点图和coplot()条件图等(后两个有些冷门)。

这里有一个实践过程中容易混淆的地方：大部分par()函数的参数(即：函数中的参数，不是低级绘图函数)不仅可以自己使用，也可以直接在上述其它高级绘图函数中使用，效果等同于在par()中使用（par是什么？是绘图设置函数）。一些参数只能在par()中使用,高级绘图函数无法实现其功能，如: ask; fig; fin; lheight; mai; mar; mfcol; mfrow; mfg; new; oma; omd; omi; pin; plt; ps; pty; usr; xlog; ylog等（注意：这些是函数内部的参数，不是函数）。

2. 基础绘图包中的低级绘图函数(也译为低水平画图命令)，无法(凭空)绘图，即只有在高级绘图函数绘制出来的图形中有效，主要起添加修饰辅助作用，如：text()加文本, legned()加图例, axis()绘制坐标轴, points()加散点, titles()加标题, arrows()加箭头, box()绘制图形边框, abline()加直线, clip()修剪图形, locator()识别图中的点的坐标, layout()切分画布, lines()加线条, segments()加线段, rug()加小地毯, polygon()构建多边形, mtext()在图形四周添加文字, grid()添加背景网格线。

3.此外还包括图形的交互与参数，图形设备，动态图形等

R基础绘图实例与解析

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基本图形

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ggplot2 | 单细胞类间比较的火山图 - 经典效果
ggplot2 | line plot 分组及均值线：聚类后的表达变化趋势图

艺术效果

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R绘图 概述